MTS Negeri Jayapura sudah berdiri sejak tahun 1985, pada saat itu sekolah masih menggunakan nama MTs Nurul Hidayah Yapis Nimbokrang, Hal tersebut terjadi hingga Madrasah ini di Negerikan pada Tahun 1997 ( 12 tahun setelah Berdiri) . Setelah di Negerikan dengan SK Penegerian No. 107 pada tanggal 17 Maret 1997 yang ditanda tangani oleh Menteri Agama RI pada waktu itu bapak DR. H. Tarmizi Taher. Pada Saat Penegerian nama yang ada dalam SK adalah MTs Negeri Nimboran (karena kami berada di Kecamatan Nimboran). Pada Tahun 2015, berdasarkan Surat keputusan Menteri Agama RI DR. Lukman Hakim tentang penggantian nama-nama madrasah Negeri seluruh Indonesia berganti menjadi nama daerah kabupaten sesuai dengan tempat dimana Madrasah itu berada. SK dengan No. 367 tahun 2015 ditanda tangani pada tanggal 18 November 2015. Demikian sejarah awal mula berdirinya MTs Negeri Jayapura.